干货|手把手教你代谢组学原始数据如何上传！
MetaboLights 是欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）旗下的代谢组学实验和衍生信息的数据库。MetaboLights 目前是主流代谢组学期刊推荐的代谢组学数据存储和分享数据库，该数据库内容丰度，涵盖代谢物结构及其参考光谱以及它们的生物学作用、位置和浓度，以及代谢实验的实验数据等。如果没有实际做过代谢组项目，也可根据研究方向从MetaboLights数据库下载相关代谢组原始数据进行研究和代谢组论文发表。接下来我们将一起体验如何一步步上传我们的代谢组学原始数据到MetaboLights数据库上。
根据经验，MetaboLights 上传数据流程较复杂，过程比较耗时，建议使用谷歌浏览器，以及找网速相对较好的位置。在传输过程中，这个网站同步数据相对迟缓，可能某些步骤卡顿，建议耐心等待。
MetaboLights 官网网址：https://www.ebi.ac.uk/metabolights/
（复制链接至浏览器打开或点击阅读原文）
本文会详解数据上传流程和方法，关于具体的数据上传步骤也可参考官方英文视频介绍：
https://www.ebi.ac.uk/metabolights/help
点击Login进行注册
点击Create an account创建账户
输入邮箱、名、姓、密码、国家、单位等，勾选同意条款，最后点击Creat。
几分钟后，邮箱会收到一封MwtaboLights的邮件，点击激活，输入账号密码登录。
点击Create New Study及以下操作来创建Study（值得注意的是，一个代谢组项目创建一个Study，如文章中涉及多个代谢组项目数据，一定要创建多个Study来上传）。之后MetaboLights会分配study id，该id唯一，作为数据上传的标识写入文章。
如图是韩群花等人发表则在Aging Cell杂志中上传的代谢组学数据叙述，该文章涉及到两个代谢组项目。
进入创建的study，Upload files为数据上传页面，可先跳过，第3部分会详细叙述。
需要填写项目发表文章的关键词、标题、摘要、文章状态等。
点击Add technique来创建。需要根据项目实际情况来选择，联川生物目前LC-MS代谢组项目统一采用如下选择，有pos和neg两种检测模式（GC-MS项目较少见，一般只采用pos检测模式，需要根据实际项目来选择），创建两个ASSAY type。
点击Add/edit details来进行之后填写。
在Protocols页面样本采集、代谢物提取、色谱分析、质谱分析、下机数据质控和处理、代谢物鉴定等步骤的叙述，具体可参考公司给的实验和分析方法部分。
之后根据填写经验，无需在网页上填写此五个页面，直接在Sample Details、Assay details、Metabolite annotation页面下载（一个项目共五个表格，pos和neg检测模式各一张Assay details、Metabolite annotation表格，两种模式共用一个sample表格）对应表格来填写即可。
Sample表格：
一般需填写如下标黄列：
(点击图片放大查看)
各列信息：
Source Name：样本的原始数据名称（不区分pos、neg。如treat1样本原始数据为pos_1.raw和neg_1.raw，则填写1.raw）
Characteristics[Organism]：样本物种来源
Characteristics[Organism part]：样本的物种组织来源
Characteristics[Sample type]：样本具体类型（QC样本：pooled sample；实验样本根据实际情况填写）
Protocol REF：一般填写Sample collection
Sample Name：样本名称（不区分pos、neg。如文章中命名为treat1样本，则填写treat1即可）
Assay 表格：
需填写如下标黄列：
(点击图片放大查看)
各列信息：
Sample Name：样本名称（不区分pos、neg。如文章中命名为treat1样本，则填写treat1即可）
Protocol REF：协议参考，一般填写Extraction
Parameter Value[Post Extraction]：参数值[提取后]：样本具体制备（联川生物一般QC样本：QC samples were prepared by combining 10 μL of each extraction mixture；实验样本：The samples were extracted from 20 μL of sample using 120 μL of precooled 50% methanol buffer）
Protocol REF：色谱协议参考：一般填写Chromatography
Parameter Value[Chromatography Instrument]：色谱仪器型号
Parameter Value[Column type]：色谱原理类型，一般使用reverse phase
Protocol REF：质谱协议参考，一般填写Mass spectrometry
Parameter Value[Scan polarity]：质谱检测模式，正负模式分别填写postive、negative
Parameter Value[Scan m/z range]：参数值[质谱扫描m/z范围]，根据具体实验方法填写，一般为from 60 to 1200
Parameter Value[Instrument]：质谱仪器型号
MS Assay Name：原始数据名称（区分pos、neg。如treat1样本原始数据为pos_1.raw和neg_1.raw，则两张Assay 表格分别填写pos_1.raw和neg_1.raw）
Raw Spectral Data File：原始数据类型，如Thermo的QE质谱仪为raw格式、AB Sciex 的TripleTOF系列质谱仪为wiff.scan格式
Protocol REF：数据协议参考，一般填写Data transformation
Derived Spectral Data File：派生的光谱数据文件，QE质谱仪只有raw文件，无派生的光谱数据文件，不填写；TripleTOF系列质谱仪有派生的光谱数据文件，为wiff格式。
Protocol REF:代谢物鉴定数据协议参考，一般填写Metabolite identification
Metabolite Assignment File：代谢物分配文件，下载表格下拉复制即可。需要注意项目名称，如id为MTBLS2849，negative模式填写：m_MTBLS2849_LC-MS_negative_reverse-phase_metabolite_profiling_v2_maf.tsv
Metabolite 表格：
需填写如下标黄列：
(点击图片放大查看)
各列信息：
database_identifier：代谢物对应的数据库注释ID，如Acetaldehyde对应HMDB id为HMDB0000990
chemical_formula：代谢物化学式，如Acetaldehyde为C2H4O
metabolite_identification：代谢物名称，如填写Acetaldehyde
mass_to_charge：代谢物的对应代谢离子质荷比，如某项目中Acetaldehyde为89.02383389
retention_time：代谢物的对应代谢离子的色谱保留时间，如某项目中Acetaldehyde为1.362933333
另外需要在最后添加上鉴定到代谢物在各样本中丰度值，可根据实际样本数据来增加列数，如下图
Metabolights官网给了两种代谢组数据上传的方法。其中Aspera上传，可细分为两种方式进行，一种是通过piugin插件，可以通过网页来传输，点击Install plugin，按照提示一步步操作即可，但中间在安装扩展和Connect可能无法访问国外服务器，失败可能性较大。另一种是通过指令传输，点击Aspera Command line client可以看到每步具体指令，此种方式传输稳定，且速度较快，但需要一定的linux基础，有一定难度。
重点推荐大家通过FTP方式来传输。
建议大家网上下载免费开源的FTP软件FileZilla。FileZilla为专业的数据传输软件，界面操作简单，已被汉化，开源免费，不仅可以传输代谢组数据至Metabolights数据库，还可上传RNA-seq数据至GEO数据库等。
2）之后点击Private FTP Upload可查看该项目登录FTP的服务器、账号、密码、以及上传路径等
填写主机、账号、密码后点击快速连接即可登录。
FileZilla界面如下以及操作如下：
将Remote folder路径粘贴至远程站点，即可链接上Metabolights数据库。再将需要上传的代谢组原始数据以及填写后的Sample表格、Assay 表格、Metabolite 表格等全部内容拖至此路径下即可传输。
检查数据传输情况。
FileZilla界面最下方显示具体传输情况，检查是否有因网络问题没有传输成功的文件。
检测具体填写错误
数据全部传输完成，以及文章标题、作者、项目的实验方法、分析方法等全部填写完毕后，点击Study overview后进入检查页面，点击页面各项可检测已填写的各项内容。
如果检测页面有Validation：Failed显示，说明数据传输或填写中有错误。点击Study validation，选择Errors查看具体错误，返回修改并重新上传。需要注意的是，Metabolights网站刷新可能较慢，新的传输可能一段时间后才能同步上去，需要多刷新几次。
根据经验，可选中要删除的错误文件，进行强制删除。
并将正确的文件选中后进行强制同步。
最后，无Validation：Failed显示，说明传输无错误。点击Release Date可以根据需求修改公开数据的日期。
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